Η χρήση της Οδοντ. Υπολ. Τομογραφίας στην Ορθοδοντική αφορά κυρίως στην εντόπιση εγκλείστων δοντιών, στην αντιμετώπιση σχιστιών, την ανάλυση των αεροφόρων οδών, σε τυχόν απορροφήσεις ριζών λόγω εγκλείστων δοντιών, καθώς και τον καθορισμό του οστικού υποστρώματος σε σχέση με ορθοδοντικές μετακινήσεις δοντιών. Τα τρισδιάστατα μοντέλα που προσφέρει η Οδοντ. Υπολ. Τομογραφίας μπορούν να χρησιμεύσουν επίσης και στον σχεδιασμό επεμβάσεων που απαιτούν λεπτούς χειρισμούς, όπως είναι η τοποθέτηση ορθοδοντικών mini-implants, σε ανατομικά δύσκολες περιοχές, αλλά και σε περιπτώσεις πιο πολύπλοκων ορθογναθικών επεμβάσεων για την διόρθωση και αποκατάσταση σοβαρών σκελετικών ανωμαλιών.